ในขณะที่เขื่อนที่เสนอจำนวนมากเหล่านี้สัญญาว่าจะให้พลังงานหมุนเวียนสำหรับประชากรมนุษย์ที่เพิ่มขึ้นทั่วเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ เขื่อนเหล่านี้ยังจะส่งผลกระทบร้ายแรงต่อระบบนิเวศทางน้ำและโดยเฉพาะปลา ในปี พ.ศ. 2553 รัฐบาลลาวและไทยได้เริ่มงานสร้างเขื่อนไซยะบุรีขนาดยักษ์ ซึ่งคาดว่าจะผลิตได้ 1,285 เมกะวัตต์ การไฟฟ้าของประเทศไทยหรือที่รู้จักกันในนาม กฟผ. ได้ตกลงที่จะซื้อไฟฟ้าร้อยละ 95 ของไฟฟ้าดังกล่าว แต่ประมาณการระบุว่าประเทศไทยไม่ต้องการพลังงานมากขนาดนั้นเพื่อตอบสนองความต้องการของประเทศ แม่น้ำคงคา ซึ่งหมายความว่าไฟฟ้าบางส่วนอาจใช้เพื่อการส่งออก โครงการนี้ได้รับการต่อต้านอย่างรุนแรงจากกัมพูชาและเวียดนาม ทั้งที่อยู่ปลายน้ำของโครงการ เช่นเดียวกับองค์กรด้านสิ่งแวดล้อมในระดับท้องถิ่นและระดับโลกในปี พ.ศ. 2555 ชาวบ้านจาก 8 จังหวัดในประเทศไทยยื่นฟ้องหน่วยงานของรัฐ 5 แห่ง รวมทั้ง กฟผ. สำหรับบทบาทของพวกเขาในการสร้างเขื่อนไซยะบุรี ผู้ฟ้องอ้างว่าหน่วยงานของรัฐไม่ได้ประเมินผลกระทบด้านสุขภาพและสิ่งแวดล้อมอย่างเพียงพอก่อนโครงการจะได้รับการอนุมัติและเริ่มก่อสร้าง คำตัดสินสุดท้ายของศาลพบว่าหน่วยงานของรัฐได้ปฏิบัติตามกฎหมายไทย แต่คดีที่เป็นข้อขัดแย้งนี้ทำให้กระแสความสนใจหลักเกี่ยวกับผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมของไฟฟ้าพลังน้ำในแม่น้ำโขง ขณะนี้มีความกังวลอย่างมากในหมู่คนในท้องถิ่นว่าเขื่อนไซยะบุรีและเขื่อนในแม่น้ำโขงที่วางแผนไว้อื่น ๆ จะทำให้น้ำท่วมตามฤดูกาลเลวร้ายลงและขัดขวางการวางไข่ของปลา ทำให้เกษตรกรและชาวประมงต้องออกจากที่ดินและวิถีชีวิตของพวกเขาในท้ายที่สุด