อย่างสูงต่องานของ Warne ในอลาบามา Pinkerton จึงมอบหมายให้เธอดูแลสำนักงานนักสืบหญิงที่สร้างขึ้นใหม่ในปี 1860 เธอทำหน้าที่นั้นตลอดชีวิต โดยดูแลการสรรหานักสืบหญิงทุกคนในหน่วยงาน รวมถึงHattie Lawtonและเอลิซาเบธ เอช. เบเกอร์ซึ่งทั้งคู่เป็นสายลับให้กับสหภาพในช่วงสงครามกลางเมือง ไม่ทราบแน่ชัดว่า Warne จ้างผู้หญิงกี่คน แต่ภายใต้การนำของเธอ สำนักงานในชิคาโกได้ขยายสาขาไปสู่ภูมิภาค Pinkerton หลายสาขา วอร์นดูแลการจัดตั้งสำนักงานนักสืบหญิงในนิวออร์ลีนเป็นการส่วนตัว แมคนารี่ตั้งข้อสังเกต อัลลันเชื่อมั่นอย่างแน่วแน่ในความสามารถของเธอ รองประธานพินเคอร์ตันกล่าว เขาชอบพูดว่าเธอไม่เคยทำให้เขาผิดหวัง นักสืบหญิง ใน คำพูดของ Pinkerton Warne เป็น [o]f ค่อนข้างเป็นผู้บังคับบัญชาและด้วยท่าทางที่เรียบง่ายซึ่งค่อนข้างน่ารักในบางครั้ง เธอจึงถูกคำนวณเพื่อสร้างความประทับใจที่ดี ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2404 Warne และเพื่อนร่วมงานของ Pinkerton หลายคน ซึ่งกระทำการตามคำร้องขอของ Samuel M. Felton ประธานของ Philadelphia, Wilmington และ Baltimore Railroad ได้แทรกซึมเข้าไปในแผนแบ่งแยกดินแดนเพื่อลอบสังหารลินคอล์นก่อนที่เขาจะเข้ารับตำแหน่งประธานาธิบดี เฟลตันซึ่งได้รับคำแนะนำเกี่ยวกับ การสมรู้ร่วมคิดที่ซ่อนเร้นเพื่อยึดวอชิงตัน ทำลายช่องทางทั้งหมดที่นำไปสู่จากทางเหนือ ตะวันออก และตะวันตก และทำให้ไม่สามารถรับตำแหน่งนายลินคอล์นในศาลากลางของประเทศได้ สงสัยว่ากลุ่มแบ่งแยกดินแดนจะโจมตีในบัลติมอร์ซึ่งเป็นเมืองทาสเพียงแห่งเดียว (นอกเหนือจากเมืองหลวง) ในการเดินทางของประธานาธิบดีที่ได้รับเลือกจากสปริงฟิลด์ รัฐอิลลินอยส์