ในขณะที่สเปนขยายไปสู่อเมริกา การสืบสวนก็เกิดขึ้นเช่นกัน ซึ่งก่อตั้งขึ้นในเม็กซิโกในปี 1570 ในปี 1574 นิกายลูเธอรันถูกเผาทั้งเป็นที่นั่น และการสืบสวนก็มาถึงเปรู ซึ่งพวกโปรเตสแตนต์ก็ถูกทรมานและเผาทั้งเป็นเช่นเดียวกัน ในปี ค.ศ. 1580 สเปนและโปรตุเกสปกครองร่วมกันโดยกษัตริย์สเปน และเริ่มกวาดล้างชาวยิวที่หนีออกจากสเปน พระเจ้าฟิลิปที่ 2 ยังเป็นศัตรูกับชาวทุ่งอีกครั้ง ซึ่งก่อจลาจลและพบว่าตัวเองถูกฆ่าหรือถูกขายเป็นทาส พระเจ้าฟิลิปที่ 2 สิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1598 และลูกชายของเขา ฟิลิปที่ 3 จัดการกับการจลาจลของชาวมุสลิมด้วยการเนรเทศพวกเขา ตั้งแต่ปี 1609 ถึง 1615 ชาวมุสลิม 150,000 คนที่เปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกถูกบังคับให้ออกจากสเปน ลัทธินอกรีต ในช่วงกลางทศวรรษที่ 1600 การสืบสวนและการครอบงำของคาทอลิกได้กลายเป็นข้อเท็จจริงที่กดขี่ในชีวิตประจำวันในดินแดนของสเปนซึ่งชาวโปรเตสแตนต์หลีกเลี่ยงสถานที่เหล่านั้นโดยสิ้นเชิง สิ้นสุดการสืบสวนของสเปน ในปี 1808 นโปเลียนพิชิตสเปนและสั่งให้ยกเลิกการสอบสวนที่นั่น หลังจากความพ่ายแพ้ของนโปเลียนในปี พ.ศ. 2357 พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 ทรงทำงานเพื่อคืนสถานะการสืบสวน แต่ท้ายที่สุดก็ถูกขัดขวางโดยรัฐบาลฝรั่งเศส ซึ่งช่วยให้พระเจ้าเฟอร์ดินานด์เอาชนะการก่อจลาจลที่รุนแรงได้ ส่วนหนึ่งของข้อตกลงกับฝรั่งเศสคือการรื้อ Inquisition ซึ่งเลิกใช้แล้วในปี 1834 คนสุดท้ายที่ถูกไต่สวนประหารคือ Cayetano Ripoll ครูชาวสเปนที่ถูกแขวนคอด้วยข้อหานอกรีตในปี 1826 การชุมนุมศักดิ์สิทธิ์สูงสุดของโรมันและการสืบสวนสากลยังคงมีอยู่ แม้ว่าจะเปลี่ยนชื่อสองครั้ง ปัจจุบันเรียกว่าการชุมนุมเพื่อหลักคำสอนแห่งศรัทธา